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du -m でメガバイト単位のファイルサイズが分かるので、どれがデータ入りのDBフォルダか確認しておきましょう。df -hで鯖全体の空き容量は見えます。DBは相当大規模鯖でもない限り、きっとVPSの中で何個かはコピーが持てる程度のサイズに収まっているでしょう。もし仮に空き容量が不足している時は、現行のコンテナを上げっぱなしでdocker system pruneすると、使ってない無駄なイメージを破棄するのでよいでしょう。